Pero: Enlace que une dos oraciones o sintagmas cuyos significados se contraponen,se restringen o se limitan:
"es guapo,pero antipático"
"ha ganado dinero,pero no mucho"
Aunque: Expresa una objeción que no impide el desarrollo de la acción principal:
"aunque esté enferma, iré al concierto"
Para más información, consultar:
http://www.wordreference.com/definicion/pero
http://www.wordreference.com/definicion/aunque